E-arvete käikuvõtmine võimaldab loobuda arvete menetluskäigust paberil, mis omakorda aitab oluliselt kokku hoida menetluse kulusid ja aega ning garanteerib täpse ülevaate igal ajahetkel. E-arve on elektrooniline konteiner, mis sisaldab PDF ja XML faile. PDF failis on arve originaaldokument, XML failis on aga kirjeldatud arve ja arveridade metaandmed, milliste alusel Webdesktop registreeerib arve automaatselt täites vastavad väljad arvete registris. Arve menetlemine Webdesktopis sarnaneb tavapärase dokumendimenetlusega, erinevusena tekitatakse selle käigus konteering(ud) ning vajalikud seosed hankijatega. Viimased võivad olla seotud raamatupidamisprogrammiga. Arve kinnitamisel kantakse andmed automaatselt raamatupidamisprogrammi.